В Кыргызстане в настоящее время практически не встречаются многие виды млекопитающих ‑ красный волк, среднеазиатская выдра, джейран, такие птицы, как дрофа, орел-могильник. На грани исчезновения находятся тюльпаны блестящий, Островского и розовый, а также дикорастущий гранат.
В крайне угрожающем состоянии находятся такие редкие виды животных, как серый варан, серпоклюв, перевязка, снежный барс, тяньшанский подвид бурого медведя, подвид горного барана - горный баран Северцова, многие узкоэндемичные виды.
В Красную книгу Кыргызской Республики включены 57 видов птиц, 23 вида млекопитающих, 2 вида амфибий, 8 видов рептилий, 7 видов рыб, 18 видов членистоногих и 83 вида высших растений, 4 вида грибов.
В результате человеческой деятельности одни виды исчезли совсем, другие находятся под угрозой исчезновения. В фауне крупных и средних млекопитающих ‑ вымерло 3 вида, 15 видов находятся под угрозой; в фауне птиц ‑ вымерло 4 вида, 26 видов находятся под угрозой; в растениях потери являются меньшими ‑ исчез только один вид, 56 видов находятся под угрозой исчезновения.
В Кыргызской Республике организованы 90 различных ООПТ. Несмотря на имеющееся в Кыргызской Республике увеличение количества ООПТ, в настоящее время ситуация в них ухудшается, что может в самое ближайшее время привести к потере наиболее ценных природных объектов, так как площади ООПТ бывают недостаточными для отдельных видов животных, мигрирующих на большие расстояния.
Одна из главных причин снижения биоразнообразия в Кыргызстане ‑ изоляция мест обитания популяций и действие этого фактора на их жизнеспособность. Изоляция мест обитания популяций негативно сказывается на их жизнеспособности.
Развитие сети ООПТ до настоящего времени преимущественно практиковалось формированием ее так называемым «точечным способом». ООПТ создавались в местах, где обитали редкие или хозяйственно ценные виды, были сформированы уникальные, или, наоборот, типичные природные объекты и явления. Эти ООПТ образовывали своего рода «Острова в океане» ‑ отдельные охраняемые природные объекты, никак не связанные между собой. Сами по себе отдельно взятые ООПТ не могут служить гарантией сохранения биоразнообразия. Система ООПТ только тогда сможет стать эффективной, когда будет составлять единую взаимодействующую сеть. Природа способна самовосстанавливаться, а человек должен способствовать этому, создавая соответствующие условия.
Современный комплексный подход к проблемам охраны окружающей среды требует создания сети особо охраняемых природных территорий, связанных между собой экологическими коридорами. Сохранение биоразнообразия путем создания экологической сети, связанной экологическими коридорами, организовано во многих странах, в том числе странах СНГ, таких как: Республика Казахстан, Российская Федерация, Республика Молдова, Республика Украина и другие. В частности в Российской Федерации с 2003 года действуют экологические коридоры, организованные в целях сохранения амурского тигра, в Республике Казахстан действует экологический коридор, направленный на восстановление и увеличение численности популяции сайгаков. Республикой Молдова в 2007 году принят отдельный Закон «Об экологической сети», который направлен на формирование правовой основы создания и развития экологической сети, установления режима управления экологической сетью и ее охраны, а также полномочий и обязанностей государственных органов. В целях сохранения биоразнообразия странами Евросоюза принято решение о создании экологической сети Евросоюза и принят документ о Руководящих принципах формирования общеевропейской экологической сети.
Кыргызская Республика взяла обязательства по сохранению биоразнообразия, и ратифицировала такие экологические конвенции как: Конвенция о биологическом разнообразии, Конвенция по сохранению мигрирующих видов диких животных, Конвенция о водно-болотных угодьях, имеющих международное значение, главным образом в качестве местообитаний водоплавающих птиц.
