В МЗ КР отсутствуют сегрегированные данные по внутренним и внешним мигрантам по отдельности, по гендеру и другим демографическим показателям. Однако имеющиеся данные свидетельствуют о том, что среди мигрантов превалируют заболевания ОРВИ, анемия, болезни сердца, остеохондроз, пиелонефрит, болезни органов дыхания, вирусные гепатиты, а также туберкулез. Согласно результатам исследования об осведомленности мигрантов о туберкулезе и ВИЧ/СПИДе, проведенного в городе Москве в 2015 году среди трудящихся-мигрантов из Узбекистана, Кыргызстана и Таджикистана, мигранты из Кыргызстана оказались на втором месте по уровню знаний о туберкулезе: 6 процентов заявили, что туберкулез неизлечим, и 21 процентов опрошенных не осведомлены об этом.
Отсутствие контроля над вакцинацией среди детей мигрантов также является риском как для стран назначения, так и для стран-отправителей трудящихся. Существует риск переноса определенных заболеваний из-за отсутствия прививок у детей мигрантов: так, в 2017 году в Кыргызстане была вспышка определенного вида кори среди вернувшихся с родителями детей из России, который ранее не был зарегистрирован в Кыргызской Республике, но был характерен для Российской Федерации.