Территория Кыргызской Республики характеризуется сложностью геологического строения, большой расчлененностью рельефа, высокой сейсмичностью. Особенностью Кыргызстана являются довольно жесткие экстремальные природные условия и высокая уязвимость горных экосистем, определяющие условия проживания в предгорьях, равнинах и долинах, где рассредоточены населённые пункты. Опасные природные процессы и явления проявляются на всей территории республики.
Основными экологическими факторами, влияющими на риски здоровью населения в Кыргызстане, являются оползни, селевые потоки, деградация земель, последствия землетрясений, проблемы, связанные с водой (например, подъем уровня грунтовых вод) и чрезмерным выпасом скота.
Так же следует учесть глобальное потепление. Одним из последствий изменения климата является увеличение числа дней с аномально высокой температурой. В это дни ожидается увеличение числа смертельных исходов преимущественно среди лиц пожилого возраста, страдающих в первую очередь болезнями сердечно-сосудистой системы. К 2100 году по сравнению с 2010 годом число случаев сердечно-сосудистых болезней увеличится на 10,5 процентов в связи с повышением температуры по наиболее неблагоприятному климатическому сценарию.